Le doctorant est un jeune chercheur dont la formation lui permet d'aborder de nombreux sujets. Il peut s'investir pendant tout ou partie de la préparation de son doctorat dans une mission ponctuelle de 32 jours maximum par an, qu'il réalise en parallèle de sa thèse et de son travail de recherche. La mission se déroule au sein de l’entreprise, collectivités, administration, etc. Le doctorant se rend régulièrement au sein de la structure d’accueil pour remplir sa mission. Cette mission n'est ni une prestation ni une collaboration entre le laboratoire et l'entreprise.

D'une durée maximale de 32 jours sur une année, la mission du doctorant consiste à réaliser au sein de la structure d'accueil, un projet élaboré en commun avec celle-ci. L'objet de la mission peut être varié : expertises, audit, conseil, veilles technologiques, étude de faisabilité, études diverses, développement d'outil, et pas nécessairement en rapport direct avec le projet de recherche du doctorant

La mission doit être d'une durée de 32 jours par an. Si la durée de la première mission est inférieure à 32 jours, le doctorant a la possibilité de compléter son expérience par d'autres missions dans des entreprises différentes. 

Au doctorant, sous trois conditions :

• Qu’il soit régulièrement inscrit à l'université
• Qu’il bénéficie d'un contrat de travail de type contrat doctoral de l'université (couvrant les trois années du doctorat, régi par le décret n° 2009-464 du 23 avril 2009) et qu’il soit autorisé à exercer une activité qui ne remet pas en cause une clause de confidentialité ou de non-concurrence par exemple.
• Qu’il n’ait pas de charge d’enseignement

• répondre à un besoin non satisfait en interne
• repérer de futurs collaborateurs
• bénéficier de l’expertise de jeunes chercheurs
• créer ou renforcer des liens avec les sites universitaires de recherche, à coût raisonnable, pour améliorer ses capacités d'innovation et initier de nouveaux projets
• donner lieu à un crédit d'impôt (CIR) sous certaines conditions

Ces missions permettent au doctorant :

• d'acquérir de nouvelles compétences par une expérience professionnelle 
• de s'ouvrir à d'autres environnements d'accroître ses connaissances, d'élargir sa culture scientifique,
• de démontrer son adaptabilité et son imagination
• se confronter également aux enjeux et aux impératifs de l'entreprise
• renforcer son réseau et son expérience pour préparer son insertion professionnelle.

• Initier et développer des partenariats avec les acteurs du monde socio-économique
• Faire reconnaître son potentiel de formation et de recherche
• Mieux préparer la poursuite de carrière de ses doctorants

La définition et le cadre de sa mission doivent faire l'objet d'un échange libre entre l’entreprise et le doctorant. Le directeur de thèse quant à lui vérifie l’opportunité thématique et est garant que la mission n’entre pas en conflit avec des partenariats impliquant le doctorant ou l’équipe dans laquelle il se trouve. Il n'est pas nécessaire que le sujet de sa mission soit en rapport avec le sujet de recherche de sa thèse. Il peut s'agir de la valorisation d'une expertise scientifique ou de la valorisation d'une compétence individuelle.

 Le dispositif « Missions d’expertise » peut être mis en place une fois :

• la validation par le directeur de thèse de la compatibilité de la mission avec les recherches en cours réalisées par le doctorant (confidentialité, concurrence)
• la validation de la compatibilité du contrat de travail et la possibilité de faire la mission
• la validation des conditions énoncées ci-dessus (NDRL : Doctorant régulièrement inscrit et bénéficiant d'un contrat de travail doctoral et ayant signé son contrat doctoral.
• la validation du projet élaboré en commun (doctorant/entreprise d'accueil)
• la contractualisation de la mission par la rédaction d'une convention de collaboration avec le partenaire qui définit en outre les conditions de la mission.  

Le doctorant ayant un contrat de travail avec l’université de Bordeaux reste donc un personnel de l'université, mis temporairement à disposition d'une entreprise dans le cadre d'une convention tripartite (université, entreprise, doctorant).

Le doctorant trouve lui-même une mission d'expertise ou répond directement à une offre. Il doit compléter avec l'entreprise une fiche de mission et une note de cadrage de la mission et la soumettre pour validation auprès de son directeur de thèse et du service administratif de l'université en charge de la gestion des missions complémentaires (DiRVEDDirection de la recherche, de la valorisation et des études doctorales ).

L'entreprise propose une mission d'expertise, d'une durée de 32 jours maximale (répartis partiellement ou sur toute l'année) qui sera diffusée auprès des écoles doctorales et des doctorants. L’université informe l’entreprise des conditions de réalisation de la mission. Après sélection du candidat, le directeur de thèse et le directeur de l’école doctorale effectuent la contractualisation de la mission avec le doctorant candidat. L'université rédige ensuite une convention tripartite - si la mission se déroule en dehors du monde académique - reprenant les conditions de la mission. Cette convention fixe également les conditions matérielles et financières, stipule les clauses de confidentialité et précise le cadre de la propriété intellectuelle des résultats

L'entreprise reçoit une facture de l'université pour la prestation de mission du doctorant dont le montant correspond au coût négocié. Dans le cas d'une mission inférieure à 32 jours, le coût est proratisé au nombre de jours de missions effectués.