Plateforme transcriptome

Transcriptome est labellisée "Plateforme de recherche de l'université de Bordeaux"

Présentation

La Plateforme transcriptome réalise des études d'expression de gènes dans le cadre de projets scientifiques dans divers tissus chez la souris, le rat, l'humain... Notre équipement haut-débit en PCR quantitative (PCRq) nous permet de traiter 20 plaques 96 puits ou 384 puits par jour. Nous sommes également équipés en digitale PCR (dPCR) ce qui nous permet de réaliser de la quantification absolue des échantillons sans gamme standard. Les quantifications en PCRq et dPCR peuvent être réalisées en technologie SyberGreen, EvaGreen ou sondes fluorescentes. Plus de 4500 couples d'oligonucléotides sont déjà répertoriés et validés dans notre base de données.

La Plateforme transcriptome est organisée en 3 pièces : un laboratoire de 25m2 pour la préparation des échantillons, une pièce pour la manipulation et la préparation des oligonucléotides et une pièce dédiée à la PCRq.

La Plateforme transcriptome est à la disposition de tous les membres du Neurocentre Magendie mais également accessible à toute la communauté scientifique (utilisateurs publics et privés).

Activité

Services proposés

Extraction des acides nucléiques (ARN et ADN) et des protéines
Quantification des acides nucléiques
Contrôle qualité des ARN totaux
Synthèse d’ADNc avec contrôle qualité (protocoles adaptés aux quantités d’ARN)
Design et validation des amorces de PCRq et dPCR
PCRq avec les chimies Sybrgreen et sondes Taqman
dPCR avec les chimies Evagreen et Taqman
Sélection des contrôles appropriés pour la PCRq et dPCR
Pré-amplification pour les très faibles quantités avec protocoles individualisés