Microscopie © Vincent Parissi - MFP

Quelles sont vos thématiques de recherches ?

Au sein de l’équipe MoBileVIR** que je dirige, nous essayons de comprendre les mécanismes de mobilité des génomes pathogènes. C’est-à-dire comment un agent pathogène – virus, bactérie – va permettre à son génome – son information génétique – d’être transféré d’un individu à l’autre, d’une cellule à l’autre ou au sein d’une même cellule. Comprendre ces mécanismes permet de savoir à quel moment du processus on pourrait bloquer la réplication virale, et donc de développer des stratégies thérapeutiques.

Nous consacrons principalement nos recherches aux rétrovirus, tels que le VIH-1, virus à ARN qui ont la double capacité d’infecter une cellule, mais aussi d’y intégrer leur génome de manière pérenne et de devenir inattaquables. Il est aussi important de les étudier car certains rétrovirus sont des agents infectieux de l’humain, avec des risques sanitaires notables – comme pour le VIH-1, virus responsable du SIDA.

Comment en êtes-vous venu à travailler sur le SARS-CoV-2 ?

Depuis des années, nous avons mis en place des outils pour décrypter le processus d’intégration des rétrovirus. Nous arrivons à visualiser, mesurer et quantifier les interactions physiques qui ont lieu entre le virus et la cellule. Souvent, ces approches peuvent être transposées à d’autres virus… y compris le coronavirus !

Lorsque la crise sanitaire est apparue, nous étions confinés et très frustrés car nous avions à disposition des outils transposables au SARS-CoV-2… Il était donc urgent de revenir au laboratoire ! Cela a heureusement été possible rapidement et, depuis avril 2020, nous avons adapté et mis ces outils à disposition de la communauté. Ils permettent à l’heure actuelle d’étudier une phase très précoce de l’infection : celle de l’attachement du virus à la cellule avec l’interaction entre la protéine virale Spike et son récepteur cellulaire ACE2.

Est-ce que tous les laboratoires peuvent étudier le SARS-CoV-2 ?

Pour étudier ce virus hautement pathogène dans son cycle infectieux naturel, il faut le manipuler dans un laboratoire de confinement de classe P3. Ces travaux ont notamment été menés par Marie-Line Andréola dans l’unité. Cependant, les laboratoires P3 sont très demandés et ne sont pas toujours faciles d’accès pour l’ensemble de la communauté scientifique… C’est de là qu’a émergé notre volonté de fournir des outils permettant d’étudier le virus dans un contexte cellulaire, mais de manière simplifiée et moins dangereuse, avec moins de contraintes.

Nous avons ainsi développé un modèle cellulaire à partir de virus dérivés du virus naturel qui sont infectieux mais non réplicatifs : ils peuvent entrer dans la cellule mais ne peuvent pas se répliquer et produire des virus. Réalisés notamment en collaboration avec la plateforme de vectorologie Vect’UB de l’université de Bordeaux, ces modèles « hybrides » sont désormais disponibles et utilisables par n’importe quel laboratoire.

Est-ce que vous menez également des travaux sur les aspects thérapeutiques ?

Oui tout à fait, même si notre équipe est plutôt à vocation d’études fondamentales, nous avons commencé à chercher des stratégies thérapeutiques ciblant le SARS-CoV-2. L’été dernier, après avoir activé notre réseau collaboratif, nous avons reçu plus de mille molécules à tester physiquement avec nos outils. C’était une période très intense ! Nous avons aussi précriblé plus de 70 000 composés avec un outil de modélisation informatique, et en avons sélectionné une vingtaine pour des tests physiques également.

Parmi toutes ces molécules, trois bons candidats ont été validés dans le système cellulaire simplifié. Après des essais menés en laboratoire P3 sur les modèles viraux naturels, deux composés se révèlent efficaces contre la souche d’origine du SARS-CoV-2. Ces molécules, en cours de brevet et de publication, seront testées sur des modèles animaux par la suite.

En tant que virologiste, comment avez-vous vécu ces derniers mois ?

Un premier sentiment de colère a dominé. Beaucoup d’équipes travaillent en effet sur les coronavirus depuis de longues années sans avoir été soutenues avant la pandémie. Si les projets de recherches sur ces virus avaient été financés dès les premières émergences de SRAS au début des années 2000 nous n’en serions peut-être pas là… A suivi une phase de frustration d’avoir des outils pouvant servir mais inaccessibles car nous étions confinés, puis c’est une phase de travail très intense qui a débuté. Un an plus tard, le rythme est toujours aussi élevé. Ce qui est très positif pour le long terme est que certaines collaborations nées des travaux sur le coronavirus s’étendent désormais à des projets sur les rétrovirus !

J’ai été impressionné par l’énorme partage de connaissances et de matériel, par la transparence et la volonté de travailler ensemble au sein de la communauté scientifique internationale… C’est quelque chose que je n’avais jamais ressenti auparavant, les recherches autour du VIH-1 sont beaucoup plus compétitives. Entre le SIDA et la Covid-19, c’est désormais deux pandémies que j’aurai connues en tant que virologiste travaillant sur ces thématiques… mais vivre le tout début d’une nouvelle pandémie, c’est quand même très particulier quand on fait ce métier.

*Microbiologie fondamentale et pathogénicité (MFP – CNRS et université de Bordeaux)

**Équipe MobileVIR – Dynamiques chromatiniennes et mobilité des génomes pathogènes