Créée le 7 juin 1441 par le pape Pape Eugène IV à l’initiative de Pey Berland - archevêque de Bordeaux de 1430 à 1456 - l’université de Bordeaux comptait quatre facultés : art, médecine, droit et théologie. Puis, comme les autres en France, l’université de Bordeaux fut supprimée en 1793 par les révolutionnaires et réorganisée en 1808 par Napoléon Bonaparte autour de trois « nouvelles » facultés : théologie, lettres et sciences. Le « palais des facultés » (actuel Musée d’Aquitaine) fut inauguré le 16 janvier 1886 ; il rassemblait la faculté de lettres et celle des sciences.

 Dix ans plus tard, la loi du 10 juillet 1896 réorganise l’université de France. Bordeaux retrouve alors son statut d’université; les lettres, les sciences, le droit, la médecine et la pharmacie se regroupent sur des bases qui ne changeront pas jusqu’en 1968. En 1898, la faculté de médecine et de pharmacie ouvre ses locaux place d’Aquitaine, future place de la Victoire.

Au milieu du XX siècle, l’université compte 8000 étudiants, ce qui la situe au deuxième rang des universités françaises derrière Paris. Ils sont répartis entre les facultés de droit (29 %), médecine (28 %), lettres (23 %) et sciences (15 %). Au début des années 1960 les effectifs d’étudiants sont à 13 000 et à la veille de 1968 25 000. Le nombre d’enseignants augmente lui aussi de manière spectaculaire. Face à ces transformations, les locaux deviennent trop petits et la plupart des facultés déménagent vers un nouveau campus : le domaine universitaire de Talence-Pessac-Gradignan (sciences en 1960, droit en 1966-67, lettres en 1971). C’est dans ce contexte qu’éclatent les évènements de mai 68.

Ces manifestations provoquent une réforme importante qui est censée faire des universités de véritables établissements autonomes et pluridisciplinaires. La loi d'orientation de l'enseignement supérieur du 12 novembre 1968, dite « loi Edgar Faure » alors ministre de l’éducation nationale, crée des établissements d'un type nouveau : « les établissements publics à caractère scientifique et culturel » (EPSC). Les anciennes facultés disparaissent et sont remplacées par des unités d'enseignement et de recherche (UER).

Les grands principes mis en œuvre par cette loi sont l'autonomie, la participation et la pluridisciplinarité. L’université de Bordeaux se divise alors progressivement et  donne naissance dans un premier temps à trois nouveaux établissements : Bordeaux1 (droit, économie et sciences), Bordeaux 2 (sciences de la vie, sciences de l’homme, sciences de la santé), et Bordeaux 3 Michel de Montaigne (lettres et sciences humaines). 
Ce n’est qu’en 1995 que l’université Bordeaux 1 se scinde en deux : d’un côté les sciences et technologies (actuelle Bordeaux 1) et de l’autre Bordeaux IV Montesquieu (droit, sciences sociales et politiques, sciences économiques et de gestion). 

Dès 1997, le rapprochement des universités bordelaises est amorcé avec la création du Pôle universitaire de Bordeaux. La signature en 2004 de la « charte fondatrice de l’université de Bordeaux » se traduit 3 ans plus tard par la création du pôle de recherche et d'enseignement supérieur (PRES) Université de Bordeaux au sein duquel siègent également les instituts et écoles du site. L’ambition de cet EPCS est, déjà alors, d’accroître la lisibilité et l’attractivité de l’espace de l’enseignement supérieur et de la recherche bordelais au plan national, européen et international, tout en favorisant la réussite et l’insertion professionnelle des étudiants. Très vite les membres fondateurs* s’accordent sur leur volonté de créer à Bordeaux un « nouveau modèle d’université ».

Le succès du projet bordelais à l’appel d’offre Opération Campus (475 millions d’euros de dotations alloués par l’Etat en 2009), renforce la volonté politique d’une partie des membres fondateurs du PRES d’aller plus loin dans les modalités de leur rapprochement. Une volonté qui se traduit très concrètement courant 2010 par la préparation de la réponse bordelaise aux appels à projets des Investissements d’avenir où synergie, croisement des approches et transversalité sont au cœur de tous les projets soumis.

Fin 2010, trois des quatre universités bordelaises (Bordeaux 1, Bordeaux Segalen, Montesquieu Bordeaux IV), ainsi que Sciences Po Bordeaux et  l’Institut Polytechnique de Bordeaux s’engagent dans un processus de création d’un établissement unique, la « nouvelle université de Bordeaux » en cosignant un "projet stratégique commun". 
Le chantier de fusion démarre en 2011, alors que l’université de Bordeaux est lauréate de nombreux programmes des Investissements d'Avenir dès la première vague. Au bout d’un an de chantier fin 2012, les deux écoles choisissent de ne pas aller jusqu’au bout du processus de fusion, tout en réaffirmant leur volonté de trouver une place dans le contexte de la politique du site universitaire bordelais.

Créée par décret le 3 septembre 2013, l’université de Bordeaux naît officiellement le 1er janvier 2014.

*Université Bordeaux 1, Université Bordeaux Segalen, Université Michel de Montaigne Bordeaux 3, Université Montesquieu Bordeaux IV, Institut Polytechnique de Bordeaux, Bordeaux Sciences Agro, Sciences Po Bordeaux