La carothèque-lithothèque, créée dans les années 1960, est gérée par l'UFR des Sciences de la Terre et de la Mer. Conservée dans l'Annexe Bonnefont, elle regroupe un ensemble très complet d'échantillons géologiques représentatifs de tout le bassin d'Aquitaine, prélevés soit en surface (affleurements), soit en profondeur (forages). Ainsi y trouve-t-on les carottes issues de 1 600 forages, associées à un dossier "papier", et quelque 30 000 échantillons lithologiques de terrain. Il s'agit d'un ensemble répertorié dont la valeur est en partie liée à cet inventaire (collection d'études) et à l'aspect recherche (objets décrits et observés).

C'est aussi une collection historique régionale liée aux laboratoires universitaires successifs, qui se sont notamment associés à des entreprises locales pour la recherche de l'eau et sa gestion. Cet aspect de patrimoine historique remonte aux premiers temps de la Faculté des Sciences de Bordeaux. En 1866, Victor Raulin avait déjà reconnu l'intérêt fondamental des forages et publié des coupes détaillées. Le fonds conservé aujourd'hui intègre des échantillons et des fossiles recueillis par d'éminents universitaires bordelais aux XIXe et XXe siècles (De Collegno, Victor Raulin, Fernand Daguin…).

La disparition progressive et généralisée des affleurements, carrières et marnières en Aquitaine montre tout l'intérêt de conserver les échantillons prélevés, véritable mémoire patrimoniale du sous-sol profond. La série très complète de forages constitue un cas d'application de la recherche à des nécessités économiques quotidiennes. Ce sont ici des outils irremplaçables pour la connaissance géologique de la région (recherche en eau, en hydrocarbures, constructions, questions d'environnement).

Par ailleurs, il apparaît, au vu des nombreuses thèses universitaires et publications, que ce matériel sédimentaire est une référence nationale, voire internationale, en particulier pour les fossiles qu'il contient et qui servent de base de comparaison et d'outil de corrélation stratigraphique de grande importance (ex.: microfaunes marines). Ce fonds est également utilisé pour l'établissement et/ou la révision des cartes géologiques régionales. De plus, y sont conservés des échantillons des stratotypes (coupes de référence) des étages créés en Aquitaine.

Cette collection ne pourra pas être renouvelée et les nouvelles méthodes d'études modernes permettent d'affirmer qu'elle constitue un réel fonds d'investigations scientifiques potentielles.